Yayasan Pendidikan Nusa Megarkencana didirikan berdasarkan akte notaris RM. Surjanto Partaningrat, SH. Nomor 7 tanggal 5 Maret 1998. Dibawah pengelolaan Yayasan Pendidikan Nusa Megarkencana yang selanjutnya disebut Yayasan. Pada awalnya, berdiri Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Nusa Megarkencana (STIENUS Jogja) berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 44/D/O/1998 tertanggal 8 Juni 1998 tentang perubahan nama dari STIE GAMA menjadi STIE Nusa Megarkencana. Megarkencana. STIE Nusa Megarkencana memiliki peran dan tanggung jawab yang sama dengan perguruan tinggi swasta lainnya dalam melaksanakan misi pendidikan nasional karena Perguruan Tinggi Swasta merupakan salah satu sub sistem dalam menyelenggarakan pendidikan nasional yang eksistensinya telah tercermin dalam GBHN dan Undang-undang tentang sistem pendidikan nasional.
Namun, dengan melihat perkembangan dunia Pendidikan yang cukup dinamis serta untuk memenuhi kebutuhan Masyarakat dan berkat komitmen Yayasan Pendidikan Nusa Megarkencana, maka sudah saatnya untuk mengembangkan Perguruan Tinggi dari Sekolah Tinggi menjadi Universitas melalui pengajuan ke Kementerian. Akhirnya pada tanggal 23 Juli 2024, harapan dan cita-cita itu terwujud dengan keluarnya Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 502/E/O/2024 Tahun 2024 tentang Izin Perubahan Bentuk Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Nusa Megarkencana di Kota Yogyakarta Menjadi Universitas Nusa Megarkencana di Kota Yogyakarta Daerah Istimewa Yogyakarta yang Diselenggarakan Oleh Yayasan Pendidikan Nusa
Universitas Nusa Megarkencana saat ini berdiri dibawah Yayasan Pendidikan Nusa Megarkencana yang diketuai oleh Dr. dr. Matrissya Hermita, MSI., MIKom dengan dewan Pembina yang diketuai oleh Prof. Dr. ES. Margianti, SE.,MM dan didalam pengelolaannya dipimpin oleh Rektor Dr. Misdiyono, SE., MM., MIKom. Lokasi kampus utama masih di Jl. AM. Sangaji 49-51, Yogyakarta 55233 dengan rencana pengembangan kampus terpadu di daerah Pajangan, Bantul seluas 1 Hektar. Saat ini Universitas Nusa Megarkencana memiliki 2 Fakultas, yaitu Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB) dengan 2 program studi sarjana, yaitu Akuntansi dan Manajemen, serta Fakultas Teknologi dan Informasi (FTI) dengan 3 program studi sarjana, yaitu Sistem Informasi, Informatika dan Teknik Sipil. Semua Program Studi terakreditasi ”Baik”, kecuali prodi Manajemen memiliki peringkat ”B”.